Universiteto veikla ir santykiai tarp bendruomenės narių grindžiami šiais svarbiausiais principais:
1) mokslo, tyrinėjimų, kūrybos ir dėstymo laisvės; 2) dorovės; 3) mokslo ir studijų vienovės; 4) visuomenės moralinės, kultūrinės, eksperimentinės, socialinės, ekonominės ir technologinės raidos skatinimo; 5) tarptautinės partnerystės stiprinimo; 6) veiklos kokybės užtikrinimo; 7) bendruomenės narių solidarumo, bendradarbiavimo ir pagarbos; 8) Universiteto vidinių organizacinių darinių interesų derinimo ir bendradarbiavimo; 9) subsidiarumo priimant sprendimus; 10) viešumo; 11) skaidrumo paskirstant ir naudojant išteklius bei priimant kitus sprendimus; 12) lygių galimybių ir sąžiningos konkurencijos, kitų visuotinai pripažintų akademinės etikos principų; 13) atsakomybės Tautai ir Lietuvos valstybei, atvirumo ir atskaitomybės visuomenei (VU statutas).