Sveikatos psichologijos magistrantūros tikslas – parengti aukštos kvalifikacijos specialistus, gebančius padėti įvairaus amžiaus žmonėms puoselėti ir stiprinti savo sveikatą, įveikti su somatine liga (ypač lėtine) susijusias psichologines problemas, dirbant savarankiškai arba tarpdisciplininėje komandoje drauge su kitais sveikatos priežiūros specialistais, taip prisidedant prie individo bei visuomenės sveikatos stiprinimo bei sėkmingo gydymo ir sveikimo proceso.
Šiuolaikinėje sveikatos sampratoje akcentuojamas biopsichosocialinis sveikatos pobūdis: teigiama, kad sveikata yra visapusės fizinės, psichinės ir socialinės gerovės būsena, kuri įgalina žmogų optimaliai funkcionuoti nuolat kintančioje makro ir mikro aplinkoje. Remiantis šiuolaikine sveikatos psichologijos bei sveikatos samprata stengiamasi, kad sveikatos psichologijos studijų programos absolventai įgytų visybišką (ekologinį) požiūrį į sveikatą, sveikatos stiprinimo ir prevencijos bei reabilitacijos programas ir galėtų organiškai įsijungti į šiuolaikinę sveikatos priežiūros sistemą.